Mikroskobik (çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük olup ancak mikroskop ile görülebilen) organizmaların genel adı.
Mikroorganizmalar çoğunlukla tek hücreli olsalar da çok hücreli örnekleri de mevcuttur. Halk arasında mikrop diye adlandırılan mikroorganizmalar, hücresel yapılı olanlar ve hücresel yapıda olmayanlar olmak üzere ikiye ayrılır. Hücresel yapıda olanlar Bakteriler, mantarlar, protistlerdir. Hücresel yapıda olmayanlar ise Virüsler, viroidler, prionlardır. Canlıların bilimsel sınıflandırması içinde çok çeşitli grupları içerdiği için genel geçer özellikler belirtmek zordur.
Mikroorganizmaları inceleyen bilim dalına mikrobiyoloji denir.
Mikrobu ilk kez Hastalıkların insanlarda teker teker peyda olduğunu zann etmek yanlıştır.Hastalıklar insandan insana gözle görülmeyecek kadar küçük tohumlar vasıtasıyla geçer. şeklinde Akşemseddin tanımlamıştır.
Mikrop terimi, ilim dünyasına ilk defa 1878'de Fransız cerrahı Charles Sédillot tarafından getirilmiştir. Sédillot, mikropların kendilerine has apayrı bir dünyası olduğunu savunmuştur. Mikrobiyoloji ilim dalı beş ana kısma ayrılmıştır: Viroloji, bakteriyoloji, protozooloji, algoloji ve mikoloji. Bunlara ilaveten moleküler ve hücresel biyoloji, biyokimya, fizyoloji, ekoloji, botanik ve zoolojiyle de yakından ilgilidir.